澳洲政府承认，澳洲船只在海上边境保护行动中，因拦截寻求庇护者船只时操作违规，侵犯了印尼领海。1月16日，澳洲移民部长Scott Morrison在堪培拉举行的一个新闻发布会上说，这次的海上行动违反了澳洲的相关政策，政府已经就侵犯印尼国家领域而向印尼方面道歉。

Scott Morrison1月17日表示，政府15日下午收到的信息称，澳洲官方舰船在执行任务时闯入印尼领海多个区域，侵犯了印尼主权，这与澳洲政府的一贯政策不符。1月17日，他在堪培拉接受记者采访时表示：“澳洲政府没有对海关和边境保护部门的行为授权，完全不是故意的，政府没有授权也不知道此事。澳洲外长Julie Bishop已就此事向印尼外长Marty Natelegawa道歉。”

澳洲当地媒体称，澳洲海军舰船巡逻是艾伯特政府边境保护政策的一部分，这些舰船冲入了印尼水域。澳大利亚国防部是在调查船民和人蛇声称澳洲舰船进入印尼海域后确认此事的，船只是在将闯境船拖回印尼海域时不慎闯入的。

船民们宣称，他们曾被澳洲海军的虐待，被困在引擎附近且没有提供食物，身体也被烫伤。但这些消息均被澳国防军总司令赫利将军和移民部长莫瑞信以及“边境主权行动”的总指挥甘宝（Angus Campbell）所否认。