面对著名景观大堡礁生态环境的恶化，澳大利亚联邦和昆州政府在2013年到2018年之间将投资3.75亿澳元，促进大堡礁的水质改善，并努力减少污水和沈积物流入大堡礁水域。

澳大利亚环境部新近发布的报告显示，2009年以来，随着对大堡礁水域展开的保护措施，使农药污染物有所减少。但气旋、水灾等恶劣天气在威胁着这里的海洋环境，大堡礁整体状况还是有下降趋势。

在2010年至2011年，自然灾害严重侵袭了大堡礁水域，特别是热带气旋“雅斯”的肆虐，使大堡礁受到很大伤害，还有含有化肥、杀虫剂成分的污染物流入大堡礁水域，侵蚀着珊瑚礁。有环保人士指出，在大堡礁周围的港口建设和疏浚，都会对大堡礁产生不利影响。

另一方面，在大堡礁水域的棘冠海星以珊瑚为食物，对大堡礁破坏性很大，减少棘冠海星的数量势在必行。澳大利亚环境部的报告说，通过对大堡礁采取的保护措施，截止2011年，棘冠海星减少了13%。

目前，大堡礁的环境状况已引起澳大利亚联邦、昆州政府和社会各方面的关注，通过增加投资和更加积极的措施，以使大堡礁健康的生态环境逐步恢复。